在当今的国际经济背景下，很多商品的贸易或者服务的提供，并不局限于某一个国家的范围。与此相应，如何在进出口的环节上保护自己的商标，防止假冒商标或者侵犯商标权的产品进出海关，对于商标所有人来说就是非常重要的。在这方面，相关的国际公约和很多国家的法律，都对注册商标提供了特别的保护。例如，《TRIPS协定》第51条规定，对于“进口”的假冒商标的商品，在权利人提供担保的前提下，成员国的海关可以中止放行。该条还规定，对于“出口”的假冒商标的商品，成员国的海关也可以在符合相关条件的前提下，中止放行。根据该条的注释，假冒商标的商品是指，未经授权在相关商品上使用了与注册商标相同的商标，或者实质性相似的商标。[13]
除了国际公约，绝大多数国家的注册商标法或者海关法律，也在进出口的环节上，提供了对于注册商标的保护。例如，美国《关税法》第1337条规定，在进口的环节上保护在美国有效的版权、专利、注册商标和半导体芯片。根据规定，应权利人的请求，国际贸易委员会可以对涉嫌侵犯版权、专利、注册商标和半导体芯片的产品进行调查，下达禁止进口的命令。[14]其中，就商标而言，仅仅涉及了联邦注册的商标，而没有涉及未注册的商标。
又如，根据我国的《海关知识产权保护条例》，对进出口货物中涉及的商标专用权、著作权和相关权、专利权提供海关保护。其中的商标专用权，就是指注册商标权，不包括未注册商标。[15]当然，我国不仅对于进口货物中涉及的注册商标提供保护，而且对出口货物中涉及的注册商标提供保护。显然，从知识产权的权利人可以在海关备案的规定来看，只有注册商标的所有人才可以在海关备案自己的商标，并且提供相应的证明文件。而未注册商标的所有人则难以提供证明权利有效的初步证据。
根据以上归纳可以看出，商标注册在商标保护中具有非常重要的地位，发挥着非常重要的作用。一方面，商标权作为一项财产性权利，来自于商标的实际使用，以及消费者对于相关商标的积极评价，也即商誉。商标主管部门对于商标的注册，显然不是商誉的来源，也不是财产权的授予。然而在另一方面，商标获准注册，又可以为商标所有人带来一系列程序上的好处。例如，推定在全国范围内享有财产权利，有可能获得反淡化保护，连续使用5年以后成为不可撤销注册的商标，使得商标的转让和许可具有更大的确定性，以及就尚未使用的商标获得注册并在3年内有效。或许，商标获准注册的最大好处，还是让商标所有人获得了更为强有力的保护。例如商标注册证书可以成为侵权诉讼中权利有效的证据，注册商标的所有人可以获得诉前的临时救济措施，可以获得惩罚性损害赔偿和法定损害赔偿，可以获得刑事措施的救济，以及获得进出口环节上的海关保护。
由此看来，商标注册虽然不是财产性权利的获得途径，但却是一系列程序性权利的获得途径。这些程序性的权利与财产性的权利相结合，可以让商标所有人获得更为强有力的保护。与此相应，商标所有人，尤其是已经使用了相关商标的所有人，应当积极、适时地寻求和获得商标主管部门的注册，从而更加有效地保护自己的商标及其所代表的商誉。
