欧盟与非洲知识产权组织是世界范围内的两大国际性组织，这两大组织均具有覆盖范围广、成员国多的特点。其中欧盟成员国有28个，非洲知识产权组织成员国有17个。本文对这两大组织的商标注册程序进行对比介绍，以方便国内企业在进行商标国际注册时参考。
两大组织的明显区别就是，除比利时、荷兰、卢森堡外，欧盟的每个成员国均有自己独立的商标注册制度，而非洲知识产权组织的所有成员国均放弃了对商标注册申请的自主审查权，均没有独立的商标注册制度。也就是说，如果申请人想要在欧盟的某一成员国单独申请注册商标是可行的，而想要在非洲知识产权组织某一成员国单独申请注册商标则无法操作。这是两大组织在基本制度上的区别。如果申请欧盟或非洲知识产权组织商标注册，一经授权，则商标权利效力及于全部成员国，但与马德里国际注册体系的不同点在于，两大组织都无法指定部分国家注册。
两大组织都遵循商标注册在先原则，商标注册申请者在申请时均可以要求优先权。欧盟商标注册申请是由位于西班牙阿里肯特的欧盟内部市场协调局（简称内协局）负责受理和审查，非洲知识产权组织商标注册申请是由位于喀麦隆的首都雅温得的统一工业产权办公室（OAPI）进行受理和审查。两大组织都接受针对一件商标的多类申请，并且只收取一个类别的注册费用。不同的是，非洲知识产权组织接受的一标多类申请必须同属商品类别或服务类别。如果指定的项目既有商品又有服务，则必须分别提交申请。两大组织对于商品类别或服务类别的项目描述的要求都不很严格。
在审查方面，两大组织都对商标注册申请进行形式审查和绝对理由审查（Absolutegrounds），但非洲知识产权组织不进行相对理由审查（Relativegrounds），即在先权利审查。曾有文章介绍欧盟不对在先权利审查，那是一种误解。欧盟内协局的做法实际上是对在先权利审查后通知在先权利人，同时向申请人发出检索报告，以便在先权利人在商标公告时及时提出异议。因此，正确的说法应当是，非洲知识产权组织和欧盟都不会因在先权利的存在而驳回申请人的商标注册申请。
在商标公告及异议的制度方面，欧盟在商标审查完毕后进行公告，公告期为3个月，任何人可以在此期间对公告的商标提出异议。异议可以基于欧盟注册、马德里指定欧盟注册、欧盟任意成员国的单一注册或是马德里指定任意单一国家的注册来提出。假设一家德国公司基于其德国注册对一家中国公司在欧盟的商标注册申请提出异议，而这家中国公司在异议中如果未能答辩成功，可以选择放弃申请或将该欧盟申请转化为个别欧盟成员国申请，同时保留原来的申请日。
欧盟商标异议制度的最大特点是关于“冷却期”（Coolingperiod）的规定，即自异议通知发出之日起2个月内，异议双方可以展开协商，就商标注册的限定条件达成一致，从而尽早结束异议。该冷却期经异议双方一致同意可以延长至22个月。与欧盟的公告及异议制度不同，非洲知识产权组织采用先注册后公告的制度。商标在非洲知识产权组织核准注册后将在政府公报上被予以公告，公告期为6个月。异议人在非洲知识产权组织提出异议需要有权利基础，也就是说只有非洲知识产权组织商标注册申请人或注册人才可以对公告商标提出异议。异议成立的，被异议商标将被撤销。
欧盟和非洲知识产权组织商标注册有效期均为10年，自商标注册申请日起算。如果商标在注册后5年内没有在成员国范围内使用，任何人均可以对注册商标提出不使用撤销申请。
对我国企业而言，在非洲知识产权组织范围内的国家进行商标注册申请时，申请人只能进行非洲知识产权组织申请，选择余地比较小。而在欧盟范围内的国家进行商标注册申请时，申请人可以采用多种注册申请途径，比如通过欧盟申请覆盖全部成员国，或是通过进行个别国家的单一申请来降低被提异议的风险，或者采用比较经济的方式——通过马德里国际注册体系指定欧盟全体或个别成员国注册。因此，申请人可以根据实际需要选择适合本企业的注册方式。
