近年来，侵犯知识产权犯罪案件呈现逐年增多趋势，分析发现，此类犯罪向着多样化、隐蔽化、组织化方向发展，办案过程中也遇到诸多问题。主要表现在以下几个方面：
1.没有指定专门的鉴定机构，假冒注册商标鉴定存在诸多问题。由于假冒产品种类繁多，有时产品质量检验机构以没有条件鉴定为由拒绝鉴定，通常由被假冒注册商标的生产厂家对假冒产品真伪作鉴定，鉴定内容较简单且不规范，而且，若单方面采信生产厂家的“鉴定意见”，则不符合刑事诉讼证据的证明要求。
2.办理侵犯商业秘密犯罪案件对司法鉴定依赖度过高，而当事人对鉴定意见的认可度低，导致反复鉴定现象严重。司法鉴定作为侵犯商业秘密刑事案件最关键的证据，因存在鉴定越权、程序违法、鉴定方法不科学等问题，衍生出补充鉴定、重复鉴定，损害了司法鉴定意见的科学性和权威性。
3.网络销售假冒注册商标的商品渐成知识产权刑事犯罪新模式，如何认定此类犯罪成难题。司法实践中，被告人往往声称由于网络销售的特殊性，为了吸引顾客而进行虚假交易以赚取信用，在依靠网站后台交易记录计算犯罪金额时应当扣除刷单虚假销售金额。针对此辩解，检察机关往往很难达到“排除合理怀疑”的刑事证明程度。
4.对“相同商标”的理解存在较大分歧，缩小了注册商标的保护范围。2004年最高法、最高检《关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第8条规定：“相同商标”，是指与被假冒的注册商标完全相同，或者与被假冒的注册商标在视觉上基本无差别、足以对公众产生误导的商标。认定“完全相同”的商标并不困难，难点在于如何区分“基本相同”的商标。司法实践中，有人认为，对“相同商标”判断的主体是司法机关，以法律专业角度进行的评判替代“公众”的意见，可能导致缩小注册商标的保护范围。
基于此，应该采取相应措施，加大对知识产权犯罪的打击力度，以充分保护相关权利人的合法权益。
1.明确假冒商标类犯罪的鉴定主体，以正规的鉴定机构代替生产厂家鉴定，确保刑事诉讼证据的合法性。建议提高质量技术监督部门的鉴定能力，由具有资质的第三方来鉴定，可以避免利害关系方的结论直接影响案件的定罪量刑，真正体现法律适用的公平性。
2.完善侵犯商业秘密罪司法鉴定程序，提高司法鉴定意见的公信力。可以从完善鉴定机构和鉴定人监管制度、建立商业秘密鉴定统一标准、完善被告人参与制度等方面加以解决。
3.采用多种取证方式，综合认定网络销售假冒注册商标商品的交易量。针对被告人提出的通过刷信誉导致的交易记录不真实情况，侦查机关可以采取抽样取证的方式排除合理怀疑。
4.明确“相同商标”的认定主体，避免因认定主体不同而产生认识上的分歧。建议提请专业的商标评定机构对被侵权商标和侵权商标的差异性作出专业性的评定。（黄定海何海伟姚怡）
